一，深圳站（Shenzhen Railway Station），位于中国广东省深圳市罗湖区，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的一等站，
二，深圳东站（Shenzhendong Railway Station）位于中国广东省深圳市，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的三等站，
三，平湖站（Pinghu Railway Station），位于中国广东省深圳市龙岗区平湖街道，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的四等站，
四，深圳北站（Shenzhenbei Railway Station）位于中国广东省深圳市龙华区民治街道，由中国铁路广州局集团有限公司管辖，
五，深圳坪山站（Shenzhen Pingshan Railway Station）位于中国广东省深圳市坪山区西部与龙岗区东部交界处，隶属于中国铁路广州局集团有限公司，为厦深铁路的客运二等站
六，福田站（Futian Railway Station）位于中国广东省深圳市福田区，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的一等站，
七，光明城站（Guangmingcheng Railway Station）位于深圳市光明区光明街道三十八号路8号，隶属于中国铁路广州局集团有限公司管辖，是广深港客运专线上的一个站点，
八，深圳机场站（Shenzhen Airport Railway Station），位于中国广东省深圳市宝安区，当前是穗深城际铁路上的一座车站，隶属中国铁路广州局集团有限公司（广州铁路局）管辖。该站于2019年12月15日正式开通运营。
九，深圳机场北站（Shenzhen Airport North Railway Station），位于中国广东省深圳市宝安区，是中国铁路广州局集团有限公司（广州铁路局）管辖的铁路车站，途经该车站的是穗深城际铁路。
十，福海西站（Fuhaixi Railway Station），规划时称和平站，位于中国广东省深圳市宝安区，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的车站（广州铁路局），途经该车站的是穗深城际铁路。2019年12月15日，福海西站正式开通运营。
十一，沙井西站（Shajingxi Railway Station），规划时称海上田园站，位于中国广东省深圳市，是中国铁路广州局集团有限公司（广州铁路局）管辖的铁路车站，途经该车站的线路是穗深城际铁路。
十二，深圳西站（Shenzhenxi Railway Station）位于中国广东省深圳市南山区，为平南铁路上的一座三等站。该站于1994年投入使用，隶属中国铁路广州局集团有限公司管辖。
其他非客运站 十三笋岗站（Sungang Railway Station），又称深北客技站，原名深圳北站，位于中国广东省深圳市罗湖区笋岗街道，是中国铁路广州局集团有限公司（广州铁路局）管辖的货运三等站
十四，平湖南站（Pinghunan Railway Station），位于中国广东省深圳市，隶属中国铁路广州局集团有限公司管辖，是深圳市境内四大铁路货运站之一
十五，西丽站（Xili Railway Station），位于中国广东省深圳市，是中国铁路广州局集团有限公司管辖的铁路四等站。
十六，坂田站，为平南铁路上的一座四等火车站，位于中国广东省深圳市龙岗区坂田街道。该站于1993年启用，由广州铁路（集团）公司（简称广铁）平南铁路有限公司管辖。坂田站曾同时办理货运和客运业务，2013年12月28日起，坂田站正式取消客运业务，成为纯粹的货运火车站。
十七，木古站，位于中国广东省深圳市龙岗区木古，为平南铁路的四等站，
